Die ersten Datierungen der Kirche am Pfarrplatz weisen bis zurück ins 13. Jahrhundert. Vor etwa 500 Jahren heiratete in der Linzer Stadtpfarrkirche Anna von Böhmen und Ungarn Ferdinand I., den Erzherzog von Österreich und späteren Kaiser des Heiligen Römischen Reiches.
Die Kirche wurde mehrmals erweitert wie etwa nach einem Stadtbrand im Jahr 1441. Die Gründung der Diözese Linz hatte zur Folge, dass Kaiser Josef II. die Stadtpfarrkirche zum Sitz des Bischofs und des Domkapitels ernannte.
Weitere Namen für die Linzer Stadtpfarrkirche sind „Mariä Himmelfahrt“ und „Liebfrauenkirche“.
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