Inmitten des Friedhofs steht die aus dem 13. Jahrhundert stammende St.-Johannis-Kirche.
Der Bau der Johanniskirche
Ein umfangreiches Dokument in lateinischer Sprache abgefasst belegt eine Schenkung von Königin Elisabeth an den Siechkobel im Jahre 1307. Königin Elisabeth war die Gemahlin König Albrechts I. von Habsburg (1298-1308). In diesem Stiftungsbrief erweist sich die Königin als große Gönnerin der Leprösen. Neben dem leiblichen Wohl ihrer Schützlinge scheint ihr auch ihre gottesdienstliche Versorgung am Herzen gelegen zu sein. Sie stiftete eine wöchentliche Messe, die ein Kaplan von St. Sebald zu lesen hatte. Es muss also 1307 bereits ein Gotteshaus vorhanden gewesen sein, das aber nicht mit der heutigen Johanniskirche identisch ist.
In dieser Urkunde - deshalb ist sie für die Geschichte von St. Johannis besonders bemerkenswert - taucht zum ersten Mal der Name St. Johannis auf. Allerdings geht nicht daraus hervor, welcher Johannis gemeint ist. Der Täufer oder der Evangelist.
Der Name St. Johannis wird in der Urkunde dreimal erwähnt. Weiterhin ist dem Schreiben zu entnehmen, dass der Siechkobel der Pfarrei St. Sebald unterstellt war. Es muss also vor der heutigen Johanniskirche ein Gotteshaus zwischen 1238 und 1307 vorhanden gewesen sein, als Weihedatum wird das Jahr 1252 genannt. Erst danach beginnt der Bau der heutigen Johanniskirche.
Freilich kommt uns die Kirche für die wenigen Siechkobelinsassen und das dazugehörige Personal etwas groß vor. Aber wir dürfen nicht vergessen, dass in der religiösen Vorstellung des Mittelalters der Begriff Bedarf völlig unbekannt war. Sonst hätten sich die beiden Stadtdome neben einer großen Zahl kleinerer Kirchen, darunter sieben Klosterkirchen, bei einer Einwohnerzahl von 25-30 000 nicht gelohnt. Das Wort Bedarf konnte andererseits eine wichtige Rolle für die mittelalterlichen Menschen spielen, wenn es sich um die Grablege des Adels handelte. Der Stadtadel pochte unerbittlich auf sein Recht, in der Kirche begraben zu werden. Nur wenige Adlige begnügten sich mit Grablegen an der Kirche.
Grablegen sind zu allen Zeiten knapp gewesen, da im Gegensatz zum Erdgrab keine Verwesung des Leichnams stattfinden konnte. So häuften sich mit der Zeit immer mehr Särge an, das Kirchenschiff konnte bald keine Gottesdienstbesucher mehr aufnehmen. Dies war auch der Grund, zwei Emporen an der Nordseite der Kirche einzubauen. Erst 1811 wurde der letzte Grabstein aus der Kirche entfernt.
Vielfach taucht auch heute noch die Bezeichnung Friedhofskapelle für die Johanniskirche auf. Im mittelalterlichen Sprachgebrauch hängt die Bezeichnung Kapelle oder Kirche nicht von der Größe eines Bauwerkes ab, lediglich die Funktion ist entscheidend.
Es ist möglich, dass die Johanniskirche noch in frühester Zeit als Kapelle bezeichnet wurde. Der Status der Kirche ändert sich mit der festen Anstellung eines Geistlichen. Aus der Kapelle wird eine Kirche, weil ein Geistlicher mit einer - wenn auch kleinen Gemeinde - vorhanden ist. Eine selbstständige Gemeinde wird Johannis noch lange nicht. Sie bleibt bis Anfang des 19. Jahrhunderts St. Sebald unterstellt.
Der Johannisfriedhof ist ein weltbekannter Friedhof in Nürnberg mit historisch