Die Franzensburg ist 1801 als „Gartenhaus in Gestalt einer gothischen Burgveste“ fertiggestellt worden. Ihr Inneres beherbergt die Gemächer eines sagenhaften Ritters. Dieser gibt sich dem Eintretenden auf Gemälden und Glasbildern sowohl in der Gestalt von Kaiser Franz II. (I.), dem Bauherrn, als auch in der von Kaiser Maximilian I., dem „letzten Ritter“, zu erkennen.
Als zweite Ausstattungsart und als Besonderheit der Franzensburg sind jene Räume zu nennen, in denen Spolien Verwendung fanden. Es handelt sich dabei nicht nur um Architekturelemente, wie etwa die im Trunksaal und in der Kapelle eingelassenen Marmorsäulen aus der Capella Speciosa in Klosterneuburg, sondern vor allem auch um Holzdecken, Portale und Wandverkleidungen, die in Schlössern und Klöstern aus intakten Interieurs ausgebaut und in der Franzensburg wieder eingebaut worden sind. Zu den dieserart gestalteten Räumen zählen der Gesellschaftssaal des Ritters (später Erstes Empfangszimmer), das Wohnzimmer des Burgherrn (später Gesellschafts- oder Louisenzimmer), das Zofen- und das Toilettezimmer der Burgfrau sowie der Prunksaal.
Während die Gemächer der Franzensburg in ihrer Funktion und Abfolge gleichsam die Wohnwelt eines märchenhaften Ritters darstellen sollten, waren die einzelnen Interieurs keineswegs wie gebrauchsfähige Wohnräume möbliert, sondern als „Schauräume“ zunächst nur locker mit einzelnen Antiquitäten bestückt. So nennt das erste Franzensburg-Inventar von 1805 im Wohnzimmer des Burgherrn nur einen „steinernen Tisch mit Schriften graviert“, im anschließenden Trunksaal einen „großen Luster mit 11 Armen“ sowie einen „Tisch mit einer Orgel“, und im Prunksaal stand neben dem Thron „1 Tischaufsatzkasten von Mosaik“ und „1 vertikal stehender antiker Flügel“.
Was die Auswahl und Herkunft der bei der Innenraumgestaltung verwendeten Spolien anlangt, so handelt es sich um Renaissanceobjekte des späten 16. und 17. Jahrhunderts aus dem niederösterreichisch-oberösterreichischen Raum. Die Decken und Portale stammen beispielsweise durchwegs aus dem Waldviertel: Die Decke des Gesellschaftssaales kommt aus Schloss Greillenstein, Decke und Portale im Wohnzimmer des Burgherrn stammen aus Schloss Rapottenstein, die Decke im Zofenzimmer wurde aus der Rosenburg hierher gebracht, und die Decke sowie die Portale des Prunksaales stammen schließlich aus dem Stift Zwettl.
Im Vereinigungsbau entstanden vier große Säle sowie Vor- und Verbindungsräume. Hinzu kam die neue Burgvogtei mit einem Wohn- und einem Schlafzimmer im Obergeschoß. Während die Räume im Erdgeschoß des Vereinigungsbaues, die Vorhalle, die Sattelkammer, der neue Waffensaal und der Habsburgersaal, rein architektonisch gestaltet worden sind, folgen die beiden im Obergeschoß gelegenen Prunkräume, der Lothringersaal und der Ungarische Krönungssaal, ebenso wie die neue Wohnung des Burgvogts und das Zweite Empfangszimmer im Altbau dem schon aus der ersten Bauphase bekannten Ausstattungsschema. Wiederum wurden Kassettendecken, Portale und hölzerne Wandverkleidungen, Ledertapeten und Kachelöfen zusammengetragen und eingebaut.
Die Interieurs der Franzensburg hatten stets mehrere und im Wandel begriffene Bedeutungsebenen. Zunächst beherbergte das Innere der romantischen Parkburg die Gemächer eines märchenhaften Ritters. Die Elemente der Ausstattung und Einrichtung bildeten als Relikte des „vaterländischen Alterthums“ gleichzeitig auch die Exponate eines Museums der „altdeutschen“ Kunst österreichischer Prägung. Während im Vereinigungsbau die Raumhülle als stimmiger Hintergrund für das dynastisch ausgerichtete Programm von Malerei und Plastik in ihrer Bedeutung zurückgetreten war, sollte nach der endgültigen Fertigstellung der Franzensburg erneut der museale Aspekt in den Vordergrund rücken. Nun interessierten die einzelnen Ausstattungselemente in ihrer Geschichtlichkeit, jedoch nicht mehr als Gesamtkunstwerk der Romantik.
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