Kopf einer Krokodilmumie
Die Sammlung geht unter anderem auf verschiedene Aegyptiaca Bayerischer Herrscher zurück, die von Herzog Albrecht V. aus der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts, des Kurfürsten Karl Theodor (zunächst in Mannheim, ab 1808 im Königlichen Antiquarium in München) sowie Kronprinz Ludwig I. (zunächst im „Aegyptischen Saal“ der Glyptothek); die Königlich Bayerische Akademie der Wissenschaften erwarb im 19. Jahrhundert weitere Objekte. Bürgerliche Mäzene und Förderer steuerten zu Beginn des 20. Jahrhunderts weitere Kunstwerke bei. Derzeit werden immer weitere Werke aus dem Haushalt des Freistaats Bayern, durch Stiftungen und den Freundeskreis des Ägyptischen Museums München e. V. (gegründet 1976) erworben.
Das Staatliche Museum Ägyptischer Kunst ging aus der „Ägyptische[n] Sammlung des Bayerischen Staates“ hervor, die 1966 gegründet wurde. In der Vergangenheit wurden über 50 Sonderausstellungen gezeigt.
Auf Schloss Seefeld in der Nähe des Ammersees befand sich von 2000 bis Ende 2009 ein Zweigmuseum der Münchener Einrichtung. Bis 2013 war das Museum im Festsaalbau der Residenz untergebracht, seit 11. Juni 2013 befindet es sich im Neubau gegenüber der Alten Pinakothek.
