Der Botanische Garten Paduas wurde 1545 gegründet und ist damit der älteste, zu einer Universität gehörende botanische Garten (Hortus Medicus) der Welt, der sich noch an seinen ursprünglichen Ort befindet und seinen Aufbau praktisch unverändert beibehalten hat. Er wurde von der Republik Venedig auf Wunsch der medizinischen Schule der Universität Padua für den Anbau von Heilpflanzen eingerichtet. Diese Heilpflanzen bildeten damals den Großteil der „einfachen" Heilmittel, d. h. der Heilmittel, die direkt aus der Natur kamen. Aus diesem Grund hießen die ersten botanischen Gärten auch „Hortus Simplicium", Garten der einfachen, reinen Pflanzen. Damals herrschte große Unsicherheit beim Erkennen der Pflanzen, die von den berühmten Ärzten der Antike therapeutisch eingesetzt worden waren, und Fehler und Betrug standen auf der Tagesordnung, sehr zum Schaden der Gesundheit der Allgemeinheit. Die Einrichtung des Gartens sollte daher den Studenten des „Studio Patavino" die Unterscheidung zwischen echten Heilpflanzen und Fälschungen erleichtern. Erster „Hüter" des Botanischen Gartens war Luigi Squalermo, Anguillara genannt, der einen Großteil der Pflanzen setzen ließ (um 1800).
In dem links zu sehenden Gebäude steht momentan die Goethe-Palme.
Die hohe Mauer wurde angeblich errichtet, weil anfangs viele Pflanzen gestohlen wurden.